在将军中,超级武器被制作的更加花哨,威力也比以前的命令与征服有了很大的提升,在将军游戏中,超级武器最大的变化在于可以重复建造,这意味着也许几个超级武器就可以直接将对手从地图上抹去,另外在将军14种技能中,同样包括很多超级武器,在传统的命令与征服对战游戏中，快节奏的风格使玩家来不及制造或者制造超级武器并不划算，但是在将军中可以重复建设超级武器，这是设计者向玩家发出的一种信号，鼓励大家使用超级武器，但是客观的说，在将军联机单挑的情况下，制造超级武器在很多时候都是一种浪费，你可以用5000资金建造更多的坦克或飞机，而将军技能也可以让你获得很多媲美超级武器的能力，可以说只有在持久战或组队作战中需要你花费5000或更多资金建造超级武器。这里需要声明的是,所谓的超级武器,是可以对敌人造成很大破坏或延缓敌人发展,而敌人缺乏有效应对措施的武器,根据这个定义,以下的武器和技能都可以被称作超级武器:
美国的粒子大炮:粒子大炮是一个非常好用的超级武器,玩家可以利用鼠标控制粒子大炮光束的行进方向,他可以非常有效的对付群集在一起的步兵、坦克以及游戏中大多数建筑物，唯一例外的是一次粒子光束是不能摧毁对手的指挥中心以及超级武器的，由于粒子大炮不是那种大面积杀伤敌方部队和建筑的武器，因此它比较有效的使用方式是摧毁敌人聚集在一起的部队或者摧毁敌方前沿阵地的防御设施，更重要的是，粒子大炮用时只需四分钟，在超级武器中这是最短的等待时间，因此准备打持久战或者组队战斗的美国玩家应该建造两座以上的粒子大炮。
美国燃烧弹:美国五星将军可以学习燃烧弹技能，这一超级武器在你的对手屏幕上是不会显示时间倒计时的，就像其他将军技能一样，一旦你将1点技能点数分配到该技能上，你就立刻可以使用这个技能。同美国的粒子大炮、中国的核弹以及全球解放军的生化死雨风暴不同，美国的燃烧弹是可以有效阻止的，因为燃烧弹是使用飞机空投的，一旦在空投前击毁该飞机燃烧弹将不能被投下，因此，防御美国燃烧弹、中国电磁脉冲炮、全球解放军碳菌炸弹这种空投的超级武器，需要一个非常有针对性的基地布局，首先，你需要尽量分散你的电厂，其次，一般来说，你的对手总希望摧毁你的一些高级设施，比如指挥中心、重工厂、飞机场、战术中心、通讯中心或者黑市等建筑物，因此你要将这些建筑物尽量放置到你基地的后方，因为飞机只有到达要攻击的建筑物上方才会投弹，因此你可以利用这一点，在飞机行进的路程中，迅速用你的防空火力击毁运输超级武器的飞机，设定防空模式的猛禽战斗机、全球解放军的毒刺防空阵地以及中国的盖特坦克对运输机的伤害很有效。在联网游戏中，作为将军技能的三种超级武器：美国燃烧弹、中国电磁脉冲炮、全球解放军碳菌炸弹在很多的时候，是一种一次性的武器，你只需要一次，就可以对敌人造成巨大的破坏力，如果你使用了这些超级武器后，仍然不能击败你的对手，那么你不用等待这些超级武器的第二次进攻了，你已经没有任何机会了。美国的燃烧弹可以对建筑物和敌方部队进行毁灭性的打击，但相比较于单位，燃烧弹更适合摧毁敌方的基地，在设定攻击范围的时候，玩家要尽可能将对手的兵营和重工厂划在攻击区域内。
美国A-10攻击:尽管同样使用飞机进行攻击，美国的A-10攻击机很难被击毁，这是美国三星将军最具价值一项升级技能，一般来说，美国将军初始的1个技能点应该分配到侦察机项目上，而当将军升级为三星将军，你应该有2点技能点数，除非你的对手试图使用步兵进行攻击或者他的基地囤积了大量导弹步兵，否则你大可以将升级尖兵的技能点一并升级A-10攻击。当玩家升级A-10攻击达到第二种级别，可以摧毁游戏中除超级武器和指挥中心外任何建筑及单位。美国的A-10攻击主要针对单个的建筑或部队群，美国玩家利用粒子大炮搭配A-10攻击可以轻松摧毁对手的超级武器或指挥中心。
中国核弹：中国核弹的直接杀伤力以及二次辐射破坏都非常惊人,而且由于中国的核弹发射井包含贫铀弹升级以及核能坦克升级,因此使用中国阵营的玩家在很多时候都会选择建造核弹发射井,由于核弹的威力相当巨大,因此一旦建造,就意味着你的对手会不顾一切的进攻,一般来说,在核弹发射井建造完毕后,应该在其附近建造一座盖特加农炮,防止你的对手使用隐形的贝顿上校、黑莲花或者埋伏反叛军对核弹发射井发动进攻。此外，在建造核弹发射井的时候，应该将这个建筑远离你其他主要的建筑物，如果你面对的是美国玩家他们使用A-10攻击或者曙光战斗机搭配粒子大炮可以很容易的摧毁核弹发射井，而且核弹6分钟的的等待时间过长，因此玩家可以在升级完贫铀弹以及核能坦克后，卖掉核弹发射井。
中国炮击：作为三星将军的技能，三种级别的中国炮击非常好用，由于中国一星将军没有什么非升不可的技能，因此当将军升级为三星后，最多会有三点技能点数，在核弹等待时间过长的情况下，使用第三级别的炮击是一个很好的替代方案，玩家可以利用炮击攻击对手的重要建筑，三级炮击结合最多两架米格飞机的进攻，完全可以摧毁掉对手的指挥中心或超级武器，此外，在对手的建筑物上布置地雷，然后使用三级炮击，可以造成更大的破坏，在将军中没有任何建筑可以抵御这种攻击搭配。
中国电磁脉冲炮：他不会对敌人造成任何直接的伤害，但是它也许是最有威胁的超级武器，电磁脉冲炮可以在大约40秒时间内，将很大区域内的建筑和单位瘫痪，只有诸如驻兵的建筑物、中国碉堡以及步兵单位不受影响，电磁脉冲炮是选择对敌人阵地发动进攻的最好武器，在将军组队作战中，大多数玩家都会选择盟友或自己操纵中国，电磁脉冲炮可以基本抵消对手基地的防御和生产，也可以将对手玩家进攻的部队瞬时瘫痪。在组队作战中，在战网上最常见的搭配是中国和美国或者两个中国玩家，由于电磁脉冲炮只有五星将军才能学习，因此在组队作战中，使用中国阵营的玩家经常会大举进攻以便赚取经验值。在持久战或者组队作战中，很多玩家认为摧毁敌人的指挥中心比起摧毁敌人的超级武器更加重要，我也非常认同这个看法，尤其是在双方僵持的情况下，摧毁对手的指挥中心，不但意味着对手将丧失制造推土机的能力（全球解放军的供应中心可以制造工人），而且意味着对手将基本丧失使用将军技能的机会，一般来说，如果你摧毁了敌人的一座超级武器，对手会根据自己的资金状况和战场的走势选择是否重建超级武器，而一旦你摧毁了他的指挥中心，尤其是美国和中国具备雷达功能的指挥中心，你的对手会立刻花费资金重建，这必然会影响你的对手整个的战略部署。
全球解放军生化死雨风暴：全球解放军不需要电源供应，因此在理论上他们拥有建造更多生化死雨风暴的理由，但很遗憾的是，生化死雨风暴这个建筑所展的面积是超级武器中最大的，因此你很难在初始基地的区域内建造两座以上的生化死雨风暴。另外，生化死雨风暴发射的9枚导弹是以攻击区域的圆心为半径向外辐射的，因此，玩家在设定攻击区域的时候，应该尽量让对手的建筑在圆圈附近，而非在攻击区域的正中心。生化死雨风暴同样可以造成辐射杀伤。
全球解放军窃取资金：从某种意义上来说，在玩家双方的坦克进行对战的过程中，同等数量和等级的坦克如果突然获得额外的好处，比如将军的紧急修理技能或者美国战术中心的三种战斗计划，就可以造成战斗胜利天平的倾斜，因此它们也可以称作是一种特殊的超级武器，对于全球解放军来说，显然从对手的供应中心窃取资金是一种武装自己打击对方的好策略，很多玩家认为窃取对手资金太少，但试想，如果你的资金突然少了几百甚至上千元，在短期内对你的影响会很大，在玩家多人游戏中，合格的将军玩家，尤其是在将军游戏的初期或中期阶段，始终保持资金在被不断使用，如果这时窃取资金，全球解放军的玩家也许只会得到几十元的资金。因而使用窃取资金这个技能，最好的时刻是在向对手阵地发动进攻或者是在对对手使用超级武器后，这样往往会限制对手的再发展。另外，需要说明的一点是，窃取资金是在供应中心，但窃取的资金是从对手全部的资金中扣除，这意味着即便供应中心不再工作，玩家一样可以窃取出资金。
全球解放军碳菌炸弹：比起生化死雨风暴，碳菌炸弹造成的碳菌污染时间更长，威力更大，作为全球解放军五星将军的最高技能，碳菌炸弹是一个没有太多特色但威力强大的超级武器，在很多方面它同生化死雨风暴相同，但不同的是，它需要飞机运输，这意味着只要摧毁运输机就可以阻止碳菌炸弹。同美国擅长单一打击的粒子大炮和大面积杀伤的汽油弹组合，中国威力巨大的核弹和瘫痪建筑单位的EMP大炮组合相比，全球解放军的碳菌炸弹和生化死雨风暴组后，有太多雷同之处。