凯恩死后，Nod内部集团的众将军纷纷自立门户，让兄弟会再次陷入了四分五裂的险境。“Nod之黑手”的首领安东•斯拉维克将军意识到形势极为不利，需要借助通讯AI CABAL的力量重新联合兄弟会，所以下令派出小分队潜回开罗，从环绕凯恩神殿构筑的多个GDI基地中重新取回了CABAL指令核心的全部组件。

重新启动之后，CABAL透露了凯恩依然有计划储存在它的数据库里，它要求继续执行这些关于“神化”与泰伯利亚改造的计划，向斯拉维克要了一批由战地工兵和特种武器精锐步兵组成的隐秘部队来进行新的进化试验。
这队Nod步兵利用神经药物“劝说”了GDI 3号定居点的一批平民做肉饵，把附近一个试验场——名符其实的“创世坑”里头的新种泰伯利亚怪物给“钓”到居民密集处中。

“特拉托斯，他是除了我之外唯一一个可以译解塔西佗的知觉生命，送他上路！”
——CABAL

之前的行动犹如释放了一个动物园，GDI现正在居民区里忙得不可开交。借着这个机会——倒不如说是CABAL一早的精心安排好的，CABAL又传了一个刺杀变异人首领特拉托斯的任务。