终于，科迪亚克号完成了数据矩阵“塔西佗”和解码资料的装箱，准备运往“费城”太空站交给特拉托斯破译。不料还没离开开罗外郊就碰上了剧烈的离子风暴而悲惨坠毁。由于严重的离子活动甚至影响到了外层大气，EVA全球指挥通信都和“费城”还有其它卫星断开了。于是，GDI“南十字星”基地的长官保罗•柯特兹中将根据章程临时代替费城太空站和所罗门上将履行GDI全球指挥职务，直至到与费城的连络恢复为止。

柯特兹紧急组建了“火风暴”特遣部队由一名从“拉撒路行动”召回的年轻部下指挥，专门应付此次事件。第一任务就是寻找坠毁的科迪亚克号下落，不惜一切取回塔西佗数据矩阵还有其它重要文件。

在取回塔西佗并准备转交“代达罗斯”研究中心的半路，“火风暴”特遣队又接到了调查3号定居点神秘生物的袭击事件。3号定居点是GDI为了在越来越险恶的泰伯利亚环境中保护普通人还有变异人平民而设立的数个较小型营地之一。
当GDI人力分散而“南十字星”还正拼命想弥补现在这种又无全球通信又不能与费城上级联系的情况的同时，一支小型Nod突击队已经悄然潜入了“代达罗斯”研究中心并杀害了正在这里的特拉托斯。

特拉托斯一死，激起了变异人群体的巨大暴乱，他们指责GDI谋害了伟大领袖，并开始了与普通人类之间前所未有的巨大矛盾，双方为了食水与口粮展开了严重的武力冲突，造成双方大量资源流失与人员伤亡。EVA建议GDI指挥官立即派出平乱部队，使用防暴士兵和移动电磁脉冲坦克等装备和非致死策略制服了双方的若干名暴动头目，让人类和变异人之间重新恢复了和平。