他们来到一座位于沙漠丘陵地带的Nod基地外沿，悉尼•莫比乌斯的动力装甲战斗服收到了异常的电磁信号……那是黑手新装备的“以西结轮”坦克和身着“以西结斗篷”的隐形部队，二人被生擒，帕克尔上尉被单独监禁，小莫比乌斯博士则被带到秘密地点。

但没过多久哈洛克就被一心报复瑞夫索的小畑樱给偷放了出来，她希望哈洛克来帮她捣点乱分散Nod的注意力，好方便她行动。哈洛克便一路由集中营杀到了Nod的一处研究设施，潜入该建筑之后，他终于在一处地下泰矿实验室找到了另外两名失踪科学家莫比乌斯和佩特洛娃。有两个人像小白鼠一样被关在那实验室的玻璃密室里，但其中的哪一个也不是佩特洛娃。

[没多久之前……]
小畑樱趁着哈洛克大开杀戒的当口也混进了地下这里，准备干掉瑞夫索，但她最终见到的却是经过“再创世”项目基因变异成怪兽一般的巨大版基甸•瑞夫索。不再是以前那个身材矮小但头脑灵活的军事领袖，而是尼克•帕克尔口中“会走路的大番薯”。樱和变异瑞夫索拼杀了一番之后被击败，困到了这玻璃笼子里面——以作试验用。

[没久之后……]
帕克尔上尉干掉了这个瑞夫索，但让露出叛徒真面目的佩特洛娃博士溜掉了，悉尼的去向也无从问起了。哈洛克只好光救出了伊格内修•莫比乌斯博士并把他带回到洛克将军的船上等候事态评估，同时樱也在研究所里乱成一团时趁机脱身了