在一次救援任务中，特种兵尼克•帕克尔上尉——代号“哈洛克（浩劫）”取得了一些敌人秘密行动的关键而又使人困扰的情报。该秘密行动的执行者是Nod的骨干集团——Nod之黑手。

除了帕克尔上尉获取的情报，“死亡六人组”成员也寻获了一组监控录像，显示在危地马拉的GDI研究基地发生了重大事件，三名泰伯利姆科研领域的顶尖遗传学家、生物学家与化学家遭到黑手部队的袭击并绑架到了未知地点。这些加起来有足够证据判断Nod兄弟会正在利用平民进行泰矿变异实验。

该三名科学家分别是埃琳娜•佩特洛娃博士——一名人类基因组计划中的首席但性情古怪的遗传学家、世界知名的化学家以及泰矿研究的最高权威伊格内修•莫比乌斯博士、还有他的女儿悉尼•莫比乌斯博士——活跃于基因变异与泰伯利姆辐射疾病研究的医学博士。

“利益冲突？才不会，我的兴趣就是冲突。”
——尼克•“哈洛克”•帕克尔上尉

帕克尔上尉在GDI特战军首长亚当•洛克的命令下担当先锋打入敌人内部寻找被绑科学家，但是性格叛逆的他抛下命令与援军不管，独力去营救三名科学家。至少，他是想这样做……
在一路追踪人质线索之后，“哈洛克”在杀向一座欧洲庄园的路上和他的几位前“死亡六人组”战友重逢了，该庄园其实是黑手头领基甸•瑞夫索将军的私人大宅，同时也是他们现在的根据地。哈洛克只身杀入了这座守卫森严的庄园，找到了三名被绑科学家，他们正被黑手部队的凶悍雇佣兵蒙多札看守着。击倒了蒙多札之后，哈洛克救出了其中一人，悉尼•莫比乌斯博士，并且让恼羞成怒的瑞夫索把枪口指向了他的“失职”佣兵保镖小畑樱——哈洛克的日本籍前战友。

“死亡六人组”的数名战友合力杀出重围回到洛克将军的指挥舰上，由于没有其他头绪，悉尼提议利用“莫比乌斯战斗服”的泰矿辐射探测装置来寻找她父亲和佩特洛娃博士的下落。