兄弟会开始败亡，在全球各处均被GDI严厉镇压，Nod所剩的最后一点血脉也即将不保。在既没有领袖、也没有资源或者运气的情况下，他们撑不久了。但是，GDI固然非常积极地追剿兄弟会余党，却犯下了一个极为严重的错误：他们一直忽视了要求放下Nod的事情来限制泰伯利亚矿的呼声，结果导致了这种矿物在地球上肆意生长并开始吞食地球的矿物营养以供它们生长繁衍，特别是在那些丛林生态系统繁盛的地区。只有各大水体、撒哈拉与美国西部等沙漠、西伯利亚荒原、澳大利亚内陆、最后还有两极严寒地区得以幸免于泰矿侵噬。GDI最终被迫放开已经沉寂的Nod，执行联合国的指示把所有生还的健康人类集结起来，尽可能快地移居到上述无矿区生存。

随着GDI一松劲，Nod得到了喘息复原之机。但是没有凯恩的伟大领导，Nod团结不再，并且破裂成数量众多但力量薄弱的分离集团。不过喽啰中也有最强者，他们就是效命于埃及独裁者哈桑的一群人。他们在Nod群体中能获得足够的支持来发展成一股新的威胁性力量，但GDI通过特务渗透以及与哈桑本人暗箱交易等方式限制住了这股力量，并通过私下给予哈桑权力支持来换取他们对其它Nod的牵制。

然而还有另外一支诡秘的Nod团体，在GDI和其他Nod派系视线外销声匿迹了数十个年头，坚忍地等待着某个事物或者说是某个时间。这支Nod秘密集团在第一次泰伯利亚战争中曾和GDI交过手——1次，但被认为已经随着其首领基甸•瑞夫索被GDI前“死亡六人组”突击队员尼克•“浩劫”•帕克尔上尉击毙而覆灭。他们比任何人都更了解兄弟会的内部操作，并且也像GDI那样对其它Nod分离集团展开了渗透，在众多年月中维系着他们对伟大领袖凯恩仍未离去的坚定信心，当然还有不断提醒着所有兄弟保持对GDI既有的憎恨之心。

当GDI终于察觉到这么一支沉默部队的存在还有他们培养新一代Nod成员、骨干的野心，他们才醒悟这么一直部队将会对世界的未来造成一系列的威胁，必须揪出并抹杀掉他们的地下领导者。这个人就是安东•斯拉维克，声名远扬的赛尔维亚“自由战士”，人赠称号“塞国恶狼”。GDI的总司令所罗门授意哈桑抓捕斯拉维克并以“GDI间谍”的名义处死，可无论是GDI还是哈桑都低估了斯拉维克在Nod追随者中的支持和人气。斯拉维克在处刑当中被她的美女副手欧克桑那•克莉丝图（表身份是哈桑亲属电视台的一名现场记者）从鬼门关救了回来并缩回到他的地底指挥中枢里，但所罗门将军也意识到：如果斯拉维克指挥的这么一支诡秘Nod部队能在过去数十年保持无形活动而现在露出行踪，让全世界的Nod蠢蠢欲动，那显然有什么大事将要发生了。

此时离Nod兄弟会大败于萨拉热窝已有30年之久，但没几天之后，凯恩以鲜活并且毫发无伤、毫发无衰老的形象重新出现在所有人面前！

Nod的所有分离集团在凯恩“复活”的24小时内即重新结合，GDI赫然又见到了已经几近忘却的那上个世纪的噩梦。此刻，人类的命运再次被推到了战争的边缘，这就是第二次泰伯利亚战争。Nod兄弟会再次变得如日中天，全球主动防御组织依然那么厉兵秣马，但是别忘了同时地球上的生灵还在陆续被“泰伯利亚化”……

今天，人类最黑暗的时刻浮现于地平线；
今天，地球和人类将要面对……泰伯利亚之日。